方案提出，到2013年底，完成对食用农产品质量安全标准、食品卫生标准、食品质量标准以及行业标准中强制执行内容的分析整理和评估工作，提出现行相关食品标准或技术指标继续有效、整合或废止的清理意见。各相关部门根据食品标准清理工作结果修订或废止相应标准，调整相应标准管理方式等。
方案提出了七项食品标准清理工作任务：(一) 食品安全基础标准。研究提出需要完善的食品安全基础标准立项、现有食品安全基础标准指标修改建议；提出现行食品产品安全标准相关指标纳入食品安全基础标准的建议；提出农药、兽药残留限量标准的清理建议；评估现有食品安全基础标准的食品分类体系，提出完善食品分类体系的建议。
(二) 食品产品安全标准。研究制订食品产品安全标准框架体系和标准目录，与食品安全基础标准的食品分类体系相协调；研究与食品安全有关的质量指标的确定原则；提出现行食品质量标准清理意见，提出与食品安全标准配套的建议；研究食品安全基础标准未涵盖的食品，提出是否制订食品产品安全标准建议；梳理食品行业产品标准中强制执行的内容，提出现行食品行业产品标准清理意见。
(三) 食品添加剂标准。提出食品添加剂产品标准框架体系和标准目录；明确需要制订通用产品标准的食品添加剂类别；研究提出现行食品添加剂国家标准和行业标准修订、整合、废止或转化为食品安全国家标准的建议。
(四) 营养与特殊膳食食品标准。研究提出营养与特殊膳食食品安全标准框架体系和标准目录；研究提出现行营养与特殊膳食标准的修订、整合、废止或转化为食品安全国家标准的建议。
(五) 食品相关产品的安全标准。研究食品相关产品标准的框架体系和标准目录；研究食品相关产品标准中与食品安全有关的质量指标确定原则；提出现行食品相关产品标准中与食品安全有关质量指标的清理意见；提出未被现行食品安全标准涵盖的食品相关产品类别，提出需要制订相应食品安全国家标准的建议。
(六) 食品生产经营过程的卫生要求标准。研究提出食品生产经营规范标准的框架体系和标准目录；分析现行食品生产经营过程管理标准，研究卫生操作程序、良好卫生规范、良好生产规范、危害分析与关键控制点系统等内容，提出是否纳入食品生产经营规范标准的建议；提出现行食品生产经营规范标准修订、整合、废止或转化为食品安全国家标准的建议。
(七) 检验方法与规程标准。研究提出食品安全检验方法标准框架体系和标准目录；对照食品安全基础标准、食品产品安全标准、食品添加剂和营养强化剂使用标准、食品相关产品标准，提出需要制定完善的检验方法标准目录；提出农药、兽药残留检验方法标准的清理建议；提出现行检验方法标准修订、整合、废止或转化为食品安全国家标准的建议。
根据方案，食品标准清理工作将分三个阶段进行，包括准备阶段(2012年10月至2012年12月)、清理阶段(2013年1月至2013年8月)和完成阶段(2013年9月至2013年12月)。完成阶段的工作内容之一是，2013年12月，根据食品标准清理工作结果，确定食品安全国家标准立项，启动食品安全国家标准制定和修订工作。